이 중에 가장 널리 쓰이는 방법으로는 클로로필을 이용한 표시 방법이라고한다. 왜냐하면 클로로필a는 모든 광합성을 하는 식물에 존재하고, 다른 방법들에 비해 빠르기 때문이다. 하지만 종에 따라서 클로로필 당 탄소량이 달라지고, 같은 종에서도 성장상태에 따라 비율이 다르다. 그리고 세포 내의 클로로필 양은 light-dark cycle 에 따라 변하는 일주기성을 가지고 있어 시간에 따라 그 양이 변한다고 한다. 그렇기 때문인지 클로로필과 식물플랑크톤의 개체수의 상관관계가 별로 높지 않다고한다. 즉, 클로로필을 이용해 개체수를 표현하는 것은 좋은 방법이 아니다.
참조
심재형,신윤근, "천수만일차생산자의 생물량:식물플랑크톤 탄소량과 세포개체수 및 클로로필과의 관계", Journal of the Oceanological Society of Korea, 1989, 24(4), pp. 194-205.
